苏州市民族宗教事务局与佛教协会通过多方努力，于1993年8月苏州市政府落实政策，作出《北塔公园产权转让的决定》，把北塔公园的产权归还于苏州市佛教协会，由佛教协会出资四百万元（其中西园寺二百万元）作为对园林局修复公园的补偿。
　　1994年元旦，北塔公园正式移交，但仍作为公园开放。苏州市佛教协会委派弘法、净持两位法师入寺主持管理。1995年弘法筹建苏州市佛教博物馆，并于1996年任馆长。
　　1996年，净持一人留守，将藏经阁楼上仅有一尊经劫难保留的千手观音像连外龛一起移至不染尘观音殿。此像是藏经阁在解放初期，作工厂仓库时用木板围封的，以于文革时未毁。
　　1997年，在宝塔底层塔心室内置石雕释迦像一座。
　　1999年10月在塔前露台置石雕弥勒大佛一座，旁题“皆大欢喜”。
　　2002年10月8日，净持物化西归。
　　2003年6月，经苏州市政府反复论证，决定将北塔公园恢复宗教场所开放，称“苏州北塔报恩寺”，中国佛教协会一诚会长为寺题额，弘法为首任住持。
　　弘法住持以来，修殿宇，造佛像，请法宝，建僧团，一应复兴。辟汽车出入大门，建停车场，立铺面，造长廊，将见把寺内建筑逐一修复。原古铜佛殿南向供七佛，称“七佛宝殿”。
　　2003年7月，将千手观音复位于藏经阁，另请一尊汉白玉观音，并于7月15日举行开光仪式。
　　2003年9月8日—14日举行首届报恩大法会暨薰塔仪式。同年信士徐雪生、许玉昌两家捐赠三层铁鼎一座。
　　2003年12月31日至明年元月5日，举行大殿北向文殊、普贤、观音、地藏王、大势至五菩萨开光仪式。
　　2004年4月29日举行报恩寺方丈升座大典暨大殿七佛开光仪式。首任方丈弘法大和尚。建国以后，报恩寺始得重光。
　　2004年11月，信士余雪荣、徐爱珍、余文杰一家捐赠韦驮石雕像一座。
　　2005年8月至2006年5月，对宝塔进行全面修缮，灵岩山明学长老题匾“报恩万岁宝塔”，弘法大和尚撰碑记。