1937年11月日军攻占苏州，报恩寺僧众悉数逃难在外。日军驻于寺内，大雄宝殿前一片荒地成为日军屠杀俘虏、伤兵及平民的场所。局势稍定之后，昭三率众回寺，围墙已大多倒塌，寺内尸骨累累，惨不忍睹。平门路西边原有一棵三抱粗的古银杏树被日军砍伐。经昭三交涉，日军撤出寺院。并掩埋尸骨，当时寺北大悲阁是义冢地，尸骨大多掩埋于此。然后再整修围墙。日军占领期间，报恩寺西侧沿平门路门面房屋全被日商“九华洋行”强占。1945年日本投降，次年昭三登记的报恩寺房屋土地，共占地51.26亩。
　　1947年报恩寺又传戒一次。
　　1949年4月27日，苏州解放。当时的报恩寺情况如下：香花桥北堍有砖砌三门牌楼一座，嫩戗外展，额题“赤乌旧迹”。牌楼两侧各有两层楼房三楹，下为铺面，上作茶楼。楼房前各有一口井，称为“龙眼井”。寺院的照壁据说在城南的城墙上。（南门尚未开辟）。山门内无天王殿，据邻近耄耋所云，民国二十年曾兴工建造，木构粗完，忽遭台风刮倒，以后就未再兴建，基础仍在。进门东侧有假山一座。走过一片荒场，便至大雄宝殿。大雄宝殿是一座重檐歇山殿宇，面阔五间，四面回廊，檐下有悬空排柱。屋顶覆青釉琉璃瓦，内镶黄色琉璃瓦组成图案文字，北面是“无量”，南面是“寿佛”。殿后是九级宝塔。塔后有内山门，门额“三吴首刹”。门北有殿三重，第一重九间，中三间是“迎宾堂”，西三间为“圣母殿”，东三间为“斋堂”。第二重为古铜佛殿，供奉三尊铜佛。第三重藏经阁。阁后有荒地，围墙北有小河名“红菱浜”。西侧墙外是平门路。沿路房屋都作库房使用。东部观音殿前有甬道，可直通东山门出入。殿西有一排平房九间，屋后是记功碑亭，亭两侧各有耳室一间。亭北是“华藏世界”，墙北又有禅房三楼三底与藏经阁相通。观音殿北有禅房五楹，中三间做讲堂，东西两间有楼，规制与古铜佛殿相似而略小。讲堂以北，禅房以东是后花园，园内有土山名北斗山、大同塔（祖塔）、昭三墓（寿穴），还有水池、菜畦。东侧围墙沿北寺塔弄曲折。寺外东有关帝庙、李王庙，西有地库祖师殿、三官堂。
　　此时报恩寺开始停止一切宗教活动，寺内僧人以房租为生，华东革命大学借用寺内房屋108间，寺外另有出租房屋117间。1950年苏州佛教协会成立，即在寺内办公。1951年成立“佛协抗美援朝办公室”。建国初期，全市很多寺院被机关、单位、居民占用，其中佛像全部集中存放在报恩寺内。木雕的大型佛像都放在讲堂里，其中有苏州最大的佛像——灵鹫寺接引佛，高丈八，整个香樟木所制，苏州人均称之为“大老爷”，其余佛像堆放在宝塔底层。
　　1954年拓宽平门路，再次征用报恩寺土地3.18亩，山门、牌楼、茶馆全被拆除，“龙眼井”被填没。围墙东移至现人行道与慢车道的分界处。
　　1955年昭三圆寂，享年八十五岁，火化后葬天平山东麓。安忍继任。同年华东革大迁出，市公安局借寺屋作看守所。次年，看守所迁出，苏州市委党校迁入。1957年市委党校迁出，苏州印染厂占用藏经阁、铜佛殿作为印花车间。1958年大跃进时期，苏州蓄电池厂迁入，占用观音殿、记功碑亭及周围房屋。苏州铁工厂也相继占用报恩寺土地，拆去寺北围墙，将北斗山、大同塔、昭三墓一起拆毁填入红菱浜，建造翻砂车间。当时安忍向市文管会汇报，文管会派人阻止，但铁工厂置之不理。以后居委会、重工业局经理部、苏建七工区、灯泡厂等单位陆续迁入。
　　1960年8月14、15日两天，印染厂印花车间锅炉鼓风加压，火星从烟囱喷出，燃着芦席棚，造成火警两次，幸抢救及时未酿成灾，但藏经阁已有部分梁木被烧焦。市公安局为此特发“公消（60）字第88号调查报告”，并于同年9月10日由苏州市安全卫生委员会在寺内召开“安全关键性专题研究会”。
　　1962年底因大雄宝殿坍坏一架，占用单位重工业局经理部和苏建七工区相继迁出。市文管会无力修复，于明年初拆除大雄宝殿。当时曾准备在此地基上建造苏州装璜设计公司大楼，为一幢西班牙式的建筑，但未通过实施即被否定。
　　1964年市文管会派人清理大雄宝殿木料，准备修塔。修塔工程自1965年8月筹备，11月开工，至1967年11月竣工。
　　十年动乱，1966年8月23日、24日，苏州市六中“红卫兵总司令部”来寺“破四旧”，将寺内泥塑佛像全部砸毁，木雕佛像堆在荒场上付之一炬。其中较珍贵的有“西方殿”准提佛，接引佛，均用檀香木雕制，前述灵鹫寺“大老爷”足足烧了三天。
　　1971年苏州蓄电池厂迁出，东风区在此办塑料厂。东风绿化小队进入塔院。灯泡厂改为缝纫机针厂。北塔街道委员会在讲堂内办纸盒厂、颜料厂。寺内还有第一轻工业局经理部和大新纤维厂。外围的房屋也为居民所占。寺内僧众在1958年全部安排工作，自食其力，但仍住寺内。至1971年全部被迁出寺外。安忍年老病弱，无人照顾，由其故乡黄岩族侄接去，旋即病殁。
　　1978年初苏州市革命委员会决定修复报恩寺，修复后称“北塔公园”。6月1日市园林管理处开始实施筹建。当年将马医科申公祠前牌楼移来，准备充作公园大门，后来认为不妥，复又移建申公祠门厅（即今日之门厅）。塔院内清理垃圾、杂草、栽树种花、宝塔重新油漆粉刷，于1979年6月20日开放公园，10月1日开放宝塔，当年开放部分到塔后圆洞门为止。
　　1980年，塔后原迎宾堂位置九间殿基础上建成茶室，于8月18日开放。
　　随即国民经济进入调整阶段，公园筹建陷于停顿。
　　1983年再度整修观音殿，记功碑亭和华藏世界。至1985年国庆开放，继续修建后院，至1986年国庆开放古铜佛殿，藏经阁（古铜佛殿为七佛宝殿，藏经阁底层为念佛堂）。
　　1986年以后，修建后花园“梅圃”，至1988年元旦开放，至此“北塔公园”筹建全部完成。建成的“北塔公园”南北长250米，东西最宽处150米，占地22200平方米，合33.3亩。