辛亥革命后，时局动荡，昭三让师弟济定代理住持，自己赴上海募款。不久济定病故，昭三再回寺主持。其时寺内驻有军队，又办小学，兼有民居散杂寺中。后军队移驻别处。昭三出银洋四百元买下官厍巷内住宅一所共十一间，修缮费三百元，捐与小学让其从寺内迁出（该校后来为平门小学，现已合并到敬文小学），此举还受到当时江苏省省长齐耀琳的褒奖。同时还兴建了西方殿、方丈室、伽蓝殿、讲堂、禅堂、库房、庖厨等，开凿了八功德池。
　　民国八年（1919）报恩寺因为荒废已久，山门之内已成路径，东通齐门，西达校场，五月开始筑围墙，并拟兴修大雄宝殿。围墙的四界东侧与现有围墙位置相似，西至现人民路北段西侧，南至香花桥堍，北至现北墙外约二十米。围墙内的面积约六十余亩，平面呈不规则形，范围不及昔日全盛时期的一半。墙外尚有分散的庙产，如关帝庙现在东面关帝庙弄内；李王庙现在苏州刀片厂范围内；地库祖师殿与三官堂现在绸缎炼染二厂和丝绸博物馆范围内。
　　大雄宝殿的修建得到了李朴诚居士和盛宣怀夫人庄氏的资助，于民国十三年（1924）落成。由于财力不足，大殿外观雄伟，而内部木料却细小，并掺以杂木，殿内地无方砖，佛未装金。仍由庄氏资助修复地库祖师殿、三官堂。又把山门口张士诚造像石堪移入寺内，并筑方亭保护。民国十五年（1926）五月开始整修不染尘观音殿，至十七年（1928）结束，领衔擅施有沉心师、李朴诚、柏舟莲社等，用银计一万三千余元。在修复过程中从观音殿前出土宋碑两块，昭三又为之建宋碑亭，至此报恩寺修复告一段落。
　　民国十六年（1927）苏州市政筹备开辟平门路，建梅村桥，征用报恩寺一部分土地，南北长三百余米。把报恩寺西部围墙全部拆除，东移至目前人民路北段东侧绿岛位置。当时的市政规划中曾打算将报恩寺建成中型公园。昭三虽呼吁保护古迹，但未能阻止平门路施工。
　　民国十九年（1930）冬，大雄宝殿因屋漏未修，梁木腐朽，加上大雪，将殿之西北角压坍。苏城知名人士李根源、费树蔚、张一麟等及吴县县长黄蕴深共三十一人发起募化修建，沪上闻人杜月笙、张啸林领衔各捐一百元，于次年五月兴工修复。这次修理在殿内加了两副人字梁。昭三利用余资在山门两侧各造三上三下楼房一座，租与俗家开茶馆，东名“民乐”，西名“宝香阁”。
　　民国五年、八年、二十一年（1916—1932）报恩寺分别传戒讲经各一次。