五代后唐同光三年（925），吴越国主钱镠在盘门内建开元寺，将原开元寺的僧众及镇寺之宝二石佛、帝青石钵等全部迁移，成为苏城西南名蓝。
　　后周显德二年（955），吴越国主钱镠在开元寺故址上复建一所新寺，因旧额已徙，故将支硎山报恩寺的匾额移此，遂名“报恩寺”。故唐武宗“会昌灭佛”时废毁开元寺，梁武帝时重兴，移额于此，乃名报恩寺。
　　北宋元丰七年（1084）之前，报恩寺遭火灾，将寺中宝塔烧毁。《吴郡图经续记》载：“寺有宝塔，顷罹火灾，郡人复建。巨殿穷极雕丽，为东南之冠，今仅毕工云。”当时信徒献所藏舍利作镇塔之宝，苏轼将藏私印的龟形铜盒舍入寺内以藏舍利，并著《舍铜龟子文》以记其事。寺内新建的宝塔高十一层。此时报恩寺内有三所子院名为“泗洲”、“水陆”、“法华”，前二者为禅院，后者为教院。
　　北宋崇宁三年（1104）端阳节，报恩寺迎请佛牙舍利入寺，舍利藏于水晶匣内，光芒四出。徽宗特作《佛牙舍利赞》为之记，并赐号“万岁”，寺遂易名为“报恩万岁寺”。
　　南宋建炎四年（1130），金兵南侵进据平江府。在战火中，报恩寺殿、塔被毁。这是该寺历史上遭受的第三次大破坏，也是最严重的一次破坏。
　　至绍兴年间，政局相对稳定，报恩寺由行者金大圆于绍兴二十三年（1153）开始募化重建宝塔，共九层。又陆续建成不染尘观音殿、卧佛殿等。至绍熙间（1190—1194）渐复旧观。据《吴郡志》载：“寺有小院五：曰文殊、曰法华、曰泗洲、曰水陆、曰普贤。”又在同一时期的《平江图》上可以看出报恩寺的具体范围：南邻香花桥、北界已离城垣不远，东至东石圹桥弄（现名石圹桥弄）、西至西石圹桥弄（现名骆驼桥浜）。参照今天的苏州城区地图，可以推算出当时的报恩寺平面呈正方形。每边长九十丈有余，占地面积在一百三十五亩以上。寺内除上述五小院外，在东南隅还有普门院，图上未见水陆院，却有水院堂。报恩寺四周又有一条环寺河将寺院与外界隔离，仅留山门出入。从《平江图》上可以看出报恩寺是平江府城北最大的建筑群。
　　南宋淳祐七年（1247）七月，平江府判府魏侍郎上奏将寺改为十方，即奉旨以“报恩万岁贤首教寺”为额。并延请高僧佛日崧来寺住持，讲述《华严疏钞》。佛日崧字鉴义，报恩寺后世僧人尊之为“开山崧法师”，于是报恩寺成为华严宗的佛教学校。在此之前该寺无固定宗派。淳祐间又重建卧佛殿七楹以覆释迦示寂之像，殿的前壁有“华严性海”四个径丈的大字，乃张即之所书。
　　宋代的报恩寺十分兴盛，由于先后两次受到朝廷的赐号，使该寺获得了极其崇高的社会地位。其间虽于建炎四年遭到毁灭性的破坏，但时隔不久又重建了规模宏大的寺院和挺拔雄伟的宝塔。南宋一代近一个半世纪之中，是报恩寺历史上的极盛时期。